JR九州では、九州新幹線（鹿児島ルート）全線開業にあわせ、2011（平成23）年3月12日（土）にダイヤ改正を実施する。
主な内容は次のとおり。
★九州新幹線
九州新幹線（鹿児島ルート）全線開業により、博多―熊本間では片道1時間あたり4本運転し、博多―鹿児島中央間は片道1時間あたり2本の運転を開始する。1日あたり上下計137本を運転。
また、山陽新幹線との直通運転開始により、〈みずほ〉〈さくら〉を新大阪―鹿児島中央（一部は熊本）間に1時間あたり上下各1本、1日あたり30本運転する。
内訳
〈みずほ〉：新大阪―鹿児島中央間に1日8本
〈さくら〉：新大阪―鹿児島中央間に1日21本、新大阪―熊本間に1日1本
このほかに、〈さくら〉が新下関―鹿児島中央間に1日4本運転される。
なお、全線開業及び山陽新幹線直通運転に伴ない、800系の指定席は4～6号車、自由席は1～3号車に変更となる。
★九州新幹線アクセス列車
■特急列車
特急〈きりしま〉は鹿児島中央駅における九州新幹線ダイヤにあわせた運転時刻に見直すとともに、宮崎―鹿児島中央間に2往復増発し、1日10往復運転する。また、利用が少ない霧島神宮・国分―鹿児島中央間の運転本数を見直し。
■快速・普通列車
豊肥本線熊本―光の森・肥後大津間に17本増発。うち13本は快速〈豊肥ライナー〉を新設。停車駅は熊本、新水前寺、水前寺、武蔵塚、光の森、肥後大津。
■観光列車
観光特急〈指宿のたまて箱〉がデビューし、鹿児島中央―指宿間を毎日3往復運転する。
観光特急〈あそぼーい！〉は4月29日（金）デビューとなり、3月12日（土）から〈あそぼーい！〉デビューまでの間は、同時刻・停車駅で臨時特急〈阿蘇ゆるっと博〉号を運転。
なお、〈あそぼーい！〉のファミリー車輌のデビュー時期は2011（平成23）年夏頃と発表されていたが、車輌の改造行程を見直し、4輌揃ってデビューする。
★並行在来線（鹿児島本線）
■特急列車
九州新幹線全線開業により特急〈リレーつばめ〉〈有明〉の運行体系を見直し、特急〈リレーつばめ〉は廃止。特急〈有明〉は、通勤時間帯及び早朝・深夜時間帯に博多―長洲・熊本間で1日7本運転。また、門司港・小倉―博多間は特急〈きらめき〉として運転する。
■快速・普通列車
データイムの快速列車の運転区間を拡大。博多―久留米間は片道1時間3本、博多―大牟田間は片道1時間2本の快速列車を運転。また、筑後船小屋駅にすべての快速列車が停車する。
また、大牟田―熊本間ではデータイムに快速〈くまもとライナー〉を新設し、1日11本運転。停車駅は大牟田、荒尾、長洲、玉名、木葉、植木、崇城大学前、上熊本、熊本。
さらに夕方以降では、博多―久留米・大牟田間の快速列車を増発する。
★その他の特急列車
博多―佐賀間の特急列車を1日あたり17本増とする。また、新鳥栖駅にすべての特急列車が停車し、長崎・佐世保方面と九州新幹線熊本・鹿児島方面との乗換えが新鳥栖駅で可能となる。また、利用の少ない特急〈かもめ〉の肥前山口―長崎間を1往復廃止する。
なお、783系で運転しているすべての特急〈かもめ〉と一部の〈みどり〉、485系で運転している特急〈にちりん〉〈ひゅうが〉〈きりしま〉等に787系を投入する。これにより、このダイヤ改正をもって、485系は定期列車としての運行を終了する。
一方、特急〈ドリームにちりん〉は利用の少ない大分―延岡間の運転を取り止め、博多―大分間は〈ソニック〉、延岡―南宮崎・宮崎空港間は〈ひゅうが〉として運転するほか、特急〈かいおう〉の運転時間帯変更、特急〈くまがわ〉1往復廃止、特急〈九州横断特急〉の運行体系を見直しを行なう。
鹿児島・宮崎地区の〈さわやかライナー〉〈ホームライナー〉は、延岡―宮崎・宮崎空港間は特急〈ひゅうが〉、西都城―宮崎間は特急〈きりしま〉、川内―鹿児島中央間は特急〈川内エクスプレス〉として運転し、車輌は485・783系から787系に変更となる。
観光特急の特急〈海幸山幸〉は下り列車の宮崎駅発車時刻を繰り上げるほか、上り列車の飫肥駅停車時間を拡大する。
