JR西日本とJR九州では、山陽新幹線と九州新幹線を直通運転する列車名の公募を2008（平成20）年10月20日から11月30日まで実施したが、応募総数168,951通の中から検討した結果、列車名を〈さくら〉と決定した。
なお、〈さくら〉は応募された列車名の中で最も多い7,927通であり、以下10位までは次のとおりであった。
1位 ：〈さくら〉 7,927通
2位 ：〈はやぶさ〉 6,917通
3位 ：〈はやと〉 6,270通
4位 ：〈さつま〉 6,024通
5位 ：〈みらい〉 3,803通
6位 ：〈つばめ〉 3,438通
7位 ：〈ひびき〉 3,043通
8位 ：〈きぼう〉 2,407通
9位 ：〈やまと〉 2,284通
10位：〈みやび〉 2,136通
