熊本市交通局では、九州新幹線（鹿児島ルート）全線開業にあわせて、2011（平成23）年3月1日より運行系統名称の変更、運行系統の色分け、一部電停名称の変更、電停のナンバリングを実施する。
運行系統名称は、現在「2系統」の田崎橋―熊本駅前―辛島町―健軍町を「A系統」、「3系統」の上熊本駅前―辛島町―健軍町を「B系統」と、それぞれアルファベット表示に変更する。あわせて「A系統」のシンボルカラーを赤色、「B系統」のシンボルカラーを青色と色分けする。
電停名称の変更は6電停に実施。「動植物園前」が「動植物園入口（どうしょくぶつえんいりぐち）」、「神水橋」が「神水・市民病院前（くわみず・しみんびょういんまえ）」、「水前寺駅通」が「新水前寺駅前（しんすいぜんじえきまえ）」、「市役所前」が「熊本城・市役所前（くまもとじょう・しやくしょまえ）」、「熊本城前」が「花畑町（はなばたちょう）」、「本妙寺前」が「本妙寺入口（ほんみょうじいりぐち）」となる。
電停のナンバリングは、特に利用客の多い「A系統」については田崎橋から健軍町にかけて数字のみの番号を振り、田崎橋「1」～健軍町「26」となる。また、上熊本線の上熊本駅前から西辛島町は「B系統」のため、頭に「B」を付け、上熊本駅前「B1」～西辛島町「B9」となる。
