JR東海とJR総研では、2002（平成14）年に製作の試験車輌で営業線用車輌へ発展させるための走行試験を山梨リニア実験線で行なってきたが、これまで取得した各種データを元に、更なる車内空間の確保や居住性の向上を目指し、試験車輌2輌を改良した。改良した試験車輌による試験走行開始は2009（平成21）年4月3日（金）から。また、改良内容は次の通り。
▼改良された先頭車輌MLX-01-901Aのイメージ。
イラスト：JR東海 ニュースリリースより
■先頭車輌（MLX-01-901A）
先頭部の長さを約23mから約15mに短縮するとともに、車体上部の両側を従来の円形から角形に変更
■中間車輌（MLX-01-22A）
車体上部の両側を従来の円形から角形に変更
先頭部の長さを短縮することにより車内空間を確保、車体断面の角型化により居住性の向上を目指し、より営業線に近い仕様の車輌として走行試験を開始する。
